José Gaos tenía agrupados sus documentos en carpetas; esta agrupación se ha respetado y se sigue llamando carpeta a cada uno de estos grupos. Por otro lado, como el acervo no fue depositado todo a la vez, se le llama fondo a cada una de las entregas.
La primera entrega a la que nos hemos referido en los Antecedentes ha sido llamada "Fondo Uno", y comprende 120 carpetas. De éstas, las primeras 117 contienen hojas foliadas del número 1 al 22 945; las carpetas 118 y 119 contienen copias de un texto mecanografiado titulado “El Diario”, y la carpeta 120 contiene copias de lecciones correspondientes al curso “Del hombre”. Hay que hacer notar que los números 9, 14, 15, 38, 42, 43, 91 y 99 están usados dos veces, de modo que hay carpetas 9B, 14B, 15B, 38B, 42B, 43B, 91B y 99B.
Se llama “Fondo Dos” a un conjunto de documentos que en 1995 la señora Ángeles Gaos, hija de José Gaos, depositó en el archivo, y que consta de 50 carpetas, cuyo contenido ha sido foliado a partir del número 30 001 hasta el 38 255.
Este fondo está integrado por cinco carpetas con diversos documentos que, en el mismo año de 1995, El Colegio de México entregó al archivo. Estos documentos han sido foliados desde el número 50 001 hasta el 50 876.
Forman el “Fondo Cuatro” los documentos recibidos de 1995 en adelante, independientemente de su procedencia. En 1998, la señora Alicia Castro viuda de Salmerón entregó una serie de documentos entre los cuales se encuentran los originales de 50 cartas de José Gaos y una nota manuscrita de Fernando Salmerón. Estos documentos conforman la carpeta 1 y están foliados del 60,001 al 60,167. En 2003, la doctora Vera Yamuni entregó15 libretas entre otros documento que formaron 12 carpetas más. Por lo que hasta ahora (2013) el Fondo Cuatro se compone de 13 carpetas.