Debido a la relación entre los doctores José Gaos y Fernando Salmerón, a la muerte de primero, acaecida el 10 de junio de 1969, sus familiares dieron en resguardo al Instituto de Investigaciones Filosóficas de la UNAM, una parte del archivo que contenía sus manuscritos.

Fernando Salmerón, entonces Director de dicho Instituto, dispuso su conservación colocándolo en la sección de manuscritos de la Biblioteca, y más tarde, al cambiarse el Instituto en 1988 a su edificio actual en la Ciudad de la Investigación en Humanidades, se le destinó al Fondo un cubículo propio.

Este Archivo contenía más de 20,000 páginas, entre las que se encontraban manuscritos originales, algunos de ellos ya publicados y otros aún inéditos; recortes de impresos; versiones mecanográficas de varios ensayos, y otros papeles de diversa índole. Independientemente del valor del contenido mismo, en ellos se tiene una muestra fiel de los métodos y procedimientos de trabajo que seguía su autor.

Desde el momento en que el Instituto de Investigaciones Filosóficas estuvo en posesión de este Archivo, el doctor Salmerón, conciente de su importancia como testimonio histórico y herencia viva tanto para el país natal de José Gaos, como también para México y toda Hispanoamérica, promovió, en combinación con el proyecto de publicación de las Obras completas de su maestro, el rescate y estudio del acervo.

Tras la muerte de Fernando Salmerón en 1997, el Archivo José Gaos quedó a cargo de la Lic. Cristina Roa, quien coordinó las labores de conservación y sistematización.

En 2006 el Fondo pasó al resguardo de la biblioteca del Instituto.